Сімейні відносини
Батько хотів, щоб він став воїном, а його брат Чезаре – кардиналом. Також Хуана називали Джованні Борджіа (на італійський манер). У нього був і єдинокровний старший брат П'єтро Луїджі, який помер у 1488 р. Хуан, завдяки домовленості його батька з королем Фердінандом, отримав після Луїджі у Валенсії герцогство Гандию. У 1493 р. він одружився з Марією де Місяць, нареченою його зведеного брата, який помер. У них народилося двоє дітей: син, Хуан де Борха, і дочка Ізабель. Перший був герцогом Ганді, а друга була пострижена в черниці.Характер
Про самої особистості Хуана відомо не так вже багато. Його вважали легковажним і недалеким людиною. В одному з листів Чезаре закликав його вести себе належним чином. У 1493 р. брат писав про те, що він не так радіє набуття нового кардинальського сана, як засмучений звісткою про погану поведінку Джованні в Барселоні. Про це було повідомлено і татові. Стало відомо, що Хуан бігає по вулицях, знищує котів і собак, відвідує публічні будинки, грає по-крупному. І це замість того, щоб коритися своєму тестеві і почитати свою дружину.На війні і в політиці
Влітку 1496 р. Хуан Борджіа, отримавши дозвіл короля Фердинанда, повернувся в Рим з Іспанії. Там він одержав звання гонфалоньєра Церкви, яке передбачало командування усім військом папи. Він брав участь у військових діях, спрямованих на приборкання ворожих йому пологів, в першу чергу, це був клан Орсіні. Оскільки Хуан не був великим знавцем військової справи, у командуванні армією йому асистував герцог Урбинский.Похід проти Орсіні виявився малоудачным. Спроба взяття замку Браччано, що належав Орсіні, взимку 1497 р. була провальною. Герцог Урбинский потрапив у полон, а Джованні незабаром після цього був поранений. Потім папа Олександр відправив свого сина до Гонсалесу де Кордові, в іспанську армію. У той час вона воювала за неаполітанське королівство проти французів. Олександр VI для Джованні Борджіа створив спадкове герцогство в папській області. Беневенто і Террачино – це два єпископства, що увійшли до його складу.
Вбивство
Хуана Борджіа вбили у червні 1497 р., це сталося недалеко від площі Джудекка. В той вечір разом з братом Чезаре, а також з іншим родичем, кардиналом, він виїхав з будинку, де жила його мати. Потім він відокремився від компанії разом зі слугою, на якому була маска. Його супутники повернулися до палацу папи. Незабаром його тіло виловили з річки Тибр, на ньому було виявлено дев'ять колотих ран. Свідків вбивства відшукати не вдалося. Але знайшли складальника дров, який вночі бачив, як п'ятеро людей викинули труп у Тибр. Оскільки при тілі був знайдений гаманець з тридцятьма золотими дукатами, був зроблений висновок, що пограбування не було метою вбивства.Різні версії
По закінченні декількох років пішли чутки про те, що вбивцею Джованні був Чезаре, його власний брат, який через три роки зайняв посаду командувача військами папи. Вважалося, що ця смерть була вигідна Чезаре, якому не була цікава церковна кар'єра, уготована йому батьком.Була й інша версія, яка полягала в тому, що вбивцею був Антоніо Мірандола, чий будинок знаходився недалеко від Тібру. Він був батьком однієї молоденької дівчини. Незадовго до смерті Джованні не раз хвалився, що йому вдалося збезчестити дочка одного знатного римлянина. Найбільш реалістичною є гіпотеза, що пояснює вбивство помстою за загибель у в'язниці одного з членів ворожої Борджіа сім'ї Орсіні - Вірджініо. Саме його володіння тато хотів передати своєму синові. Крім того, причини для помсти були й у безлічі інших людей. Так, наприклад, Джованні Сфорца, чоловік Лукреції, був зганьблений сім'єю папи. Він не раз публічно сварився з покійним. З кардиналом Асканіо Сфорца Хуан Борджіа також був у поганих стосунках, їх слуги прямо на вулицях Риму різали один одного. Не ладнав він і з герцогом Монтефельтро, звинувативши останнього в недавньому військовому поразку і не викупивши його з полону. Його молодший брат Джоффре також мав на нього зуб, так як, за чутками, Хуан був у зв'язку з його дружиною. В кінцевому підсумку вбивцю так і не змогли знайти. Вдова Джованні пережила його на 42 роки, вона більше не вийшла заміж, займалася вихованням дітей, протегувала монастирям, постриглася в черниці.